O Ministério da Agricultura negocia com a cadeia produtiva mudanças no selo combustível social do biodiesel. Entre as alterações negociadas estão os porcentuais mínimos de aquisição de matéria-prima para a produção do biocombustível, alterações em regras específicas para compras por regiões, bem como nas regras que limitam as vendas por pequenos produtores ligados a grandes cooperativas.

Criado em 2004, juntamente com o programa de fomento ao biocombustível, ainda no governo do ex-presidente Luiz Inácio Lula da Silva, o selo concede benefícios tributários de PIS/Cofins às indústrias que adquirem matéria-prima de agricultores familiares. No início, o programa priorizou o Nordeste, com o uso de mamona para a produção do biodiesel, o que se mostrou inviável economicamente diante de maiores ofertas e competitividade do Sul e Centro-Oeste. Hoje, 99% da oferta é de soja e a indústria.

Para ter o selo combustível social e os benefícios tributários, a indústria da região Sul precisa adquirir 40% da oferta de agricultores familiares; as do Centro-Oeste e Norte, 15% e para as do Sudeste e Nordeste, 30%. No entanto, fatores multiplicadores aplicados à regra fazem com que empresas fora da região Sul comprem um volume abaixo dos porcentuais mínimos. Algumas indústrias pedem a equiparação da regra, o que reduziria também a necessidade de compra mínima de 40% de matéria-prima de produtores do Sul.

Mesmo com as regras mais rígidas, dados de 2018 do governo mostram que das 59,9 mil famílias atendidas pelo programa, 55,4 mil estão no Sul do País, 3,3 mil no Centro-Oeste e apenas 485 famílias no Nordeste. O Nordeste já teve 41,3 mil famílias atendidas no auge do programa, em 2010. Do volume adquirido de 3 milhões de toneladas de grãos para a produção de biodiesel, 2,59 milhões de toneladas vieram da região Sul, 373 mil toneladas no Centro-Oeste e 53,5 mil no Nordeste. Dos R$ 3,502 bilhões movimentados, R$ 2,97 bilhões foram em negócios com produtores do Sul, R$ 407,24 milhões do Centro-Oeste e R$ 75,25 milhões com agricultores do Nordeste.

Cooperativas e a indústria de biodiesel pedem ao governo o fim da cota mínima de 60% de agricultores familiares cooperados para que possam participar do programa. Esses elos da cadeia do biodiesel sustentam que existem cooperativas, principalmente no Sul do País, com um grande número de associados e que é difícil incluir um número suficiente de produtores familiares cadastrados no Programa Nacional de Agricultura Familiar (Pronaf) para cumprir essa cota.

O programa do biodiesel e o selo social do biocombustível eram comandados pelo Ministério do Desenvolvimento Agrário, que virou secretaria no governo de Michel Temer e foi englobada pelo Ministério da Agricultura no atual governo. O secretário de Agricultura Familiar e Cooperativismo do Ministério da Agricultura, Fernando Schwanke, informou ao Broadcast Agro que o programa está em fase de análise "ouvindo os atores do mesmo com o objetivo de fortalecimento deste importante setor. As mudanças que porventura ocorrerem vão na direção de ampliação do programa, para todos elos da cadeia produtiva".